伍连德为了弄清鼠疫的源头,让穆德惠寻找疫病尸体,进行解剖。“入土为安”是祖上的规矩,给死人“开肠破肚”更是闻所未闻。这种破坏祖宗习俗、大逆不道的做法,遭到村民一致反对。为解疫情源头之惑,伍连德坚持必须解剖尸体。
穆德惠很快找到一具刚刚得瘟疫死亡的寡妇尸体,伍连德立即赶往死者家中,正解剖死者尸体,被村民发现,愤怒的村民投掷石块击打伍连德。混乱中,穆德惠保护着伍连德逃出傅家甸,解剖失败。伍连德心有不甘,想趁天黑继续前往傅家甸解剖寡妇尸体,不想眼前一片火光,寡妇家已是一片火海。
此时,老中医修起的儿子修暮良急匆匆跑来告诉伍连德老乌吉去世了,伍连德赶到修德堂开始解剖乌吉尸体,终于在老乌吉肺中得到了重大发现,找到了鼠疫杆菌,并且发现这种病菌是可以通过呼吸传染的。伍连德决定通知所有的外国医院和医生,让大家引起注意,同时让哈尔滨所有人都戴口罩预防传染。
伍连德让防疫总站制作了大量的口罩,请修德堂熬制中药保肺汤免费分发给百姓,预防鼠疫传染。在此防疫的关键时刻,熬制保肺汤的药材遭土匪抢劫。俄领事和海关关长尤里金拜访伍连德,意在借防疫为名,派兵进驻哈尔滨。此事涉及国家主权,遭到伍连德严词拒绝。
沈家李账房知道自己贪污的事情败露,急忙向姚仲亭求助。姚仲亭对沈家女儿沈秀莲早有色心,却遭沈秀莲怒斥,姚仲亭怀恨在心,遂将姜达明关入大牢。姚仲亭告沈会长贪污防疫款,把沈会长一家抓进大牢。
穆德惠接到市民举报,得知姜达明被姚仲亭抓进大牢,立即通知伍连德,伍连德赶往道台府解救姜达明。新任李道台宣布上方旨意,免去姚仲亭和那道台的职务,听候处理。姜达明和沈家人一起得救,而狡猾的姚仲亭借交官印之机,跑到沙俄驻哈尔滨领事馆投靠了尤里金,当上了沙俄东清铁路巡警队中国班队长。