山田上司宫本要求他们移交实验数据,山田不满自己辛苦劳动的果实交给他人,决定叛变,要用贺英雄为自己铺垫一条退路。
贺天和小强在侦探社被毒雾熏晕,被绑架到山田玄洋社的实验基地。山田亲手为贺天注射细菌,用他的生命来威胁贺英雄。
贺英雄知道将会面临一场生死抉择,将妻女送上游轮令她们离去。
马昆和贺天被关押在同一所日本人的医院,两人用密码互相交流明白身份,决定一起越狱。马昆用摩斯密码在药布上写下自己的身份,被停留在医院外的同事发现。杜康找到重阳,两人决定救马昆出狱,但就凭两人力量未必能行,重阳决定说服贺英雄,与他们一起行动。
贺英雄派人与重阳营救贺天和马昆。另一方面,山田闯入锦荣董事会,以自己多数的股票妄想入主锦荣成为董事长。岂料阴谋被贺英雄派来的于子谦揭发,山田所造授权书被证明作假。
贺英雄知道自己违抗山田,生命不多,正准备自尽时,妻子月容回来与他共同面对。这对间隙一生的夫妻在山田枪口下赴死。
马昆为救贺天选择留下,贺天被于子谦带到父母尸体前,恸哭不止。
贺家因此家破人散,贺美馨投奔延安要为父母报仇。病重的贺天被重阳接回小屋,与莲心等人生活在一起。然而,贺天身上的新型病菌令小蝶和莲心束手无策。
重阳安慰贺天,所有人一定会坚强的活下去。贺天却知自己所活时日不多。
山田变本加厉进行人体试验,将药水弄的百姓悉数抓走做细菌试验。马昆面对众多尸体,绝不肯开口说半个字,山田恼羞成怒,为马昆注射变异细菌。
贺天告诉所有人,只要跟着废水走一定能找到实验基地。杜康等人将废水样本交给莲心,莲心化验,得知细菌实验基地所在。重阳和贺天决定前往细菌实验基地,将其摧毁。
山田得知上司要认命自己的属下接替自己,陷入疯狂。亲手将所有人杀掉,带着最新的细菌准备离开。贺天和重阳闯入,山田为保命用达子做挡箭牌,达子中弹倒在血泊之中,临死向马昆忏悔自己的罪行,希望来生能做个堂堂正正的中国人。
重阳和杜康救出马昆,马昆知道走出去将传染所有人,与贺天一起为救上海将自己反锁在基地里,拉响了摧毁装置。
一阵轰炸声过后,罪恶的人体试验基地被摧毁。
然而莲心走出家门,面对的只有重阳一人。
山田为钱找到林友闻,找国际大买家出售细菌。
重阳莲心于子谦祭奠贺天之后,重阳前往百乐门,决定找山田为所有人报仇,山田被重阳困住无处可逃,两人决斗,重阳用自己所学的日本功夫杀死山田。
此刻,百乐门内大火已经汹汹燃起,重阳双腿被掉落的火柱砸断,无法逃出。为了救上海的百姓不被细菌传染,重阳只能将山田的细菌吞入口中。
莲心赶来,亲眼目睹此刻一幕,痛彻心扉与重阳诀别,重阳被火烧死,莲心跪倒在地。
于子谦与白淑琴告别,决定要为督察长和贺天做最后一件事。于子谦用威胁,逼死A公司最大幕后老板孔少爷后,与共产党员杜康投奔抗日前线。
莲心和小蝶守住锦荣,在轰炸中,莲心不肯撤退。她只要还能开动药厂里的机器,就要为前方浴血奋战的战士生产药品,为了铸造抗战的医药盾牌而奋斗,甚至付出自己的生命。锦荣所有员工被莲心鼓励,与她一同留下来,与锦荣共存亡。
而后锦荣历经八年颠沛流离,在大后方坚持生产,期间遭受日军多次轰炸,职工伤亡过半,厂房焚烧有三,但没有一天停止过防疫药品的生产。
1945年,8月15日,日本天皇宣布无条件投降,锦荣公司迁回上海。莲心也等来了参加革命归来的贺天……